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小米手机短信设置保密的方法有多种，以下是一些常见的方式。
1、应用锁：
前往“设置”，然后选择“应用锁”或“应用隐私”。
打开“应用锁”开关，并设置密码或手势。
找到短信应用并开启其应用锁功能。
每次打开短信应用时，都需要验证身份（如指纹、密码等）。
2、私密短信功能：MIUI系统提供了私密短信的功能，打开短信应用，在编辑短信的界面中，点击右上角或更多操作按钮，选择“私密短信”或“加密短信”功能，之后，输入的短信内容将会被加密保护。
3、使用第三方应用：还可以下载并安装如“信息加密”、“私密空间”等第三方应用，这些应用通常提供了更为详细的隐私保护选项，如伪装短信内容、隐藏短信通知等，使用这些应用时，请确保从官方渠道下载，并注意保护个人隐私。
4、冻结应用：使用MIUI的“冻结应用”功能可以暂时让短信应用无法使用，只有输入特定的密码或手势后才能启动应用，进入手机的设置菜单，找到应用管理或应用冻结选项，选择短信应用并进行冻结操作。
5、使用手机管家：部分小米手机中的手机管家也提供了隐私保护的功能，进入手机的设置菜单，找到手机管家选项，选择隐私保护或隐私设置，找到短信相关的隐私选项并进行设置。
不同版本MIUI系统的操作可能存在差异，建议根据自己的手机系统版本和实际情况进行操作，保护手机隐私不仅限于短信设置，平时使用手机时也要注意保护个人信息的安全。